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過去建設的水利工程側重于滿足人類社會對水的多種需求，相對忽視了維護一個健康生態(tài)系統(tǒng)的穩(wěn)定性需求。由于水利工程可能引起河流形態(tài)的均一化和不連續(xù)化，降低了生境多樣性，對河流生態(tài)系統(tǒng)形成了一種脅迫，這種脅迫可能引起河流生態(tài)系統(tǒng)的退化，隨之也會降低河流生態(tài)系統(tǒng)的服務功能，最終對人們的利益造成損害。水利工程建設要正視這個問題，以積極的態(tài)度解決這個問題。我國為發(fā)展經(jīng)濟，作為基礎設施的水利工程將會繼續(xù)興建。未來的水利工程不僅是能夠滿足人們供水、灌溉、防洪、航運、發(fā)電及旅游需求的工程，也應該是有利于生態(tài)建設的環(huán)境工程。從技術層面上看，水利工程建設中保護河流多樣性問題，似有以下幾個值得重視和研究。

①從水利工程的規(guī)劃設計的指導思想看，建設水利工程的目的不僅應滿足人們對水的需求，同時要滿足維持河流生態(tài)系統(tǒng)健康的需求，其中的關鍵問題之一是盡可能地保護河流形態(tài)的多樣性。

②保持河流的蜿蜒性是保護河流形態(tài)多樣性的重點。在河道整治工程中，尊重天然河道形態(tài)，避免直線和折線型的河道設計。灌溉渠道設計也要注意模仿河流自然形態(tài)的特點。對于河流的裁彎取直工程要充分論證，持慎重態(tài)度。

③保持河流斷面形狀的多樣性，尊重河流原有的自然斷面形態(tài)。河道整治工程中應盡可能避免采用幾何規(guī)則斷面，疏浚工程施工中避免河道斷面的均一化。

④河道防護工程的岸坡采用有利于植物生長的透水材料，特別注意采用當?shù)靥烊徊牧?，也要注意整理、發(fā)掘和發(fā)展傳統(tǒng)治河工法和材料。開發(fā)和推廣供輸水渠道使用的利于植物生長同時具有一定防滲性能的襯砌材料和施工工藝。

⑤水利工程設計應為植物生長和動物棲息創(chuàng)造條件。提供魚類產(chǎn)卵條件以及鳥類和水禽棲息地和避難所。建設符合生態(tài)學原理的過壩魚道。開發(fā)新型丁壩、人工浮島及生態(tài)型城市雨洪利用系統(tǒng)技術。

⑥新建大壩樞紐工程要充分論證由于水庫建設改變河流生態(tài)系統(tǒng)為靜水生態(tài)系統(tǒng)的利弊得失，采取必要的補償工程措施和生物措施。

⑦開展已建水庫的生態(tài)系統(tǒng)健康評估與預測。注重水庫生態(tài)系統(tǒng)退化的恢復及富營養(yǎng)化控制問題。通過水庫庫區(qū)生態(tài)建設及水生生物的合理結構設計，提高水庫水體自凈能力和自我修復能力。充分利用鄉(xiāng)土種生物，慎重引進外來種，注意防止生物入侵。